Біоінформаційний підхід до швидкої оцінки придатності різних ділянок генома для ДНК-штрихкодування / Дуплій В.П. та ін. 2015

Дуплій В.П., Матвєєва Н.А., Кучук М.В.

В основі ідеї ДНК-штрихкодування лежить використання короткої стандартної послідовності геномної ДНК для видового визначення живих організмів. Попри значні досягнення у ідентифікації тварин, стандартна маркерна ділянка для рослин ще й досі не визначена.

Рисунок 1 Багатовимірне шкалювання евклідових відстаней між послідовностями міжгенного спейсера trnL-trnF мохів різних родів родини Bryaceae

Для швидкої оцінки придатності певної ділянки ДНК для видового визначення організмів нами було створено пакет прикладних програм, що автоматизує завантаження з Генбанку відібраних за певними критеріями нуклеотидних послідовностей, їх вирівнювання та побудови діаграми генетичних відстаней, понижуючи методом багатовимірного шкалювання кількість вимірів до двох.

Отримана діаграма дає змогу оціни наскільки точно можна визначити приналежність рослин до того, чи іншого таксона, по послідовності вибраної ділянки ДНК.

Висновки. Розроблено метод, що дозволяє, використовуючи інформацію з відкритої бази даних Генбанк, швидко оцінити придатність тієї, чи іншої ділянки ДНК для видового визначення живих організмів.

Розроблене програмне забезпечення

• Пакет Get, Align, MDS - GAM - у вільному доступі на цьому сайті http://icbge.org.ua/ukr/GAM

Джерело

• Duplij V.P., Matvieieva N.A., Kuchuk M.V. Bioinformational approach for rapid assessment of different genome sites for DNA barcoding // Agrobiodiversity for improving nutrition, health and life quality – Nitra: Slovak University of Agriculutre, 2015. – P. 131-133.

Роботу було представлено на II Міжнародній науковій конференції "Агробіорізноманіття для покращання харчування, здоров'я та якості життя" (20–22 серпня 2015 року, м. Нітра, Словаччина).