Можливість використання послідовностей rbcL та ITS2 для видової ідентифікації мохоподібних (на прикладі рослин Антарктики)

Матеріал з ІКБГІ
Перейти до: навігація, пошук

Можливість використання послідовностей деяких ядерних та
хлоропластной генів для видової ідентифікації мохоподібних
(На прикладі рослин Антарктики)

Дуплій В.П., Матвєєва Н.А.
Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України

Завантажити постер (pdf)

ДНК-штрихкодування є перспективним методом видової ідентифікації живих організмів. Дослідження в цьому напрямку були розпочаті близько десяти років тому роботами П.Хеберта із співавторами. Зараз велика увага приділяється з'ясуванню, яка саме ділянка ДНК може бути використана як ДНК-штрихкод рослин. Пропонуються різні ділянки ДНК, зокрема, послідовності rbcL, matK, atpB-rbcL, trnL-trnF, rpoB, rpoC1, trnH-psbA, atpF-atpH (хлоропластна ДНК), а також ядерний спейсер ITS2. Ми спробували визначити, чи можуть послідовності rbcL та ITS2 використовуватися для видової ідентифікації мохоподібних.

4moses in vitro 2013.jpg

Матеріалом служили культивовані in vitro рослини Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Pohlia nutans (Hedw.) Lindb., Sanionia georgicouncinata (Müll. Hal.) Ochyra, Polytrichum juniperinum Hedw., які вирощували на агаризованому середовищі МС (Murashige & Skoog, 1962) при +24°С і 16-годинному світловому фотоперіоде. Нативні зразки цих рослин були зібрані у 2009-2011 р.р. на антарктичному острові Галіндез та в оазисі Ширмахера (Земля Королеви Мод). Використовували описані раніше пари праймерів для rbcL (Kress & Erickson, 2007) та ITS2 (Chiou et al., 2007).

DB Antarctica 2012.jpg

Для зберігання інформації про колекції антарктичних рослин була створена реляційна база даних (спрощена її структура наведена зліва). У зв'язаних таблицях зберігаються відомості про точне місце збору зразків, способах їх видового визначення, умови культивування та секвенування, а також про експерименти на стійкість до абіотичних стресів, проведених з ними.

MDS Bryophyta rbcL 2012.jpg
Tree Bryophyta ITS2 2012.jpg

Для нашого зразка W.fontinaliopsis у Генбанку не було знайдено достатньо близьких сиквенсів досліджуваних ділянок ДНК. Рослини цього роду, на жаль, досі мало вивчені. Інші дев'ять зразків були визначені з точністю до роду по спейсерам ITS2. Для зразка B.pseudotriquetrum було виявлено 34 послідовності, що співпадають на досліджуваній ділянці rbcL, але належать до різних родів. Найбільш близькі послідовності ITS2 відносяться до B.pseudotriquetrum.

Послідовність гена rbcL наших рослин P.nutans збігалася з наявною у Генбанку для того ж виду. У той же час послідовність ITS2 цього зразка була ідентична двом записам, що відповідають різним видам, P.nutans та P.proligera.

MDS Polytrichaceae rbcL 2013.jpg

Сіквенс rbcL нашого зразка S.georgicouncinata відрізнявся від наявної у Генбанку послідовності S.uncinata по 2 п.н., а найбільш близький до послідовності ITS2 нашого зразка відповідав трьом видам роду Sanionia (S.georgicouncinata, S.symmetrica, S.orthothecioides).

Тільки порівняння послідовностей антарктичного зразка P.juniperinum вказує на його приналежність до даного виду (по ділянках rbcL і ITS2) або до близького йому P.strictum (тільки по rbcL). Мабуть, варто погодитися з твердженням, що висловлюються у багатьох роботах, що однієї ділянки ДНК не достатньо для точної видової ідентифікацією рослин.

Таким чином, показано, що ні фрагмент послідовності хлоропластного гена rbcL, ні послідовність ядерного спейсера ITS2 не можуть бути використані для точної видової ідентифікації мохоподібних. Однак такий підхід може бути застосований для попереднього визначення таксону рослини або як додатковий метод ідентифікації.

MDS Bryaceae atpB-rbcL 2012.jpg
MDS Bryaceae rbcL 2012.jpg
MDS Bryaceae ITS2 2012.jpg
MDS Bryaceae trnL-trnF 2012.jpg


Спільний науковий проект НАН України та Російського фонду фундаментальних досліджень 2012-2013 Грант Національного антарктичного наукового центру 2011-2012

Доповідь була представлена на конференції «Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии», що проходила з 25 по 29 травня 2013 року у м. Ростов-на-Дону

Особисті інструменти
Простори назв

Варіанти
Дії
 
   
Інструменти
Іншими мовами