Лаборатория систем биосинтеза природных соединений

Материал из ИКБГИ
(Различия между версиями)
Перейти к: навигация, поиск
(Полностью удалено содержимое страницы)
 
(не показаны 6 промежуточных версий 1 участника)
Строка 1: Строка 1:
===Лаборатория образована в 2009 году===
 
<div style='margin-right:10px;float:left;width:450px;height:1420px;'>
 
  
===[[Media:2012_lab_presentation_english_2.pdf‎|Презентация лаборатории]]===
 
 
==Состав:==
 
Зав. лабораторией, к.б.н., с.н.с. [[Шелудько Юрий Всеволодович]]<br>
 
н.с., к.б.н. [[Герасименко Ирина Михайловна]]<br>
 
н.с., к.б.н. [[Синдаровская Яна Рудольфовна]]<br>
 
ведущий инженер [[Мазур Мария Григорьевна]]<br>
 
аспирант, инженер 1 кат.(1/2 ставки) [[Кирпа Татьяна Николаевна|Кирпа-Несмиян Татьяна Николаевна]]<br>
 
Студентка-дипломница НТУУ КПИ, инженер 1 кат.(1/2 ставки) [[Арбузова Ирина Андреевна]]
 
==Новости:==
 
*10.04.2015
 
[[Image:2015Diploma1.jpg|thumb|right|70x100px|]]
 
[[Image:2015Diploma2.jpg|thumb|right|70x100px|]]
 
[[Image:2015Diploma3.jpg|thumb|right|70x100px|]]
 
Доклад Боровиковой К.С. "Определение содержимого хлорофиллов в листках транспластомных растений табака, экспрессирующих репортерный ген под контролем различных промоторов (Визначення вмісту хлорофілів в листках транспластомних рослин тютюну, які експресують репортерний ген під контролем різних промоторів), подготовленный в соавторстве с Клебанович А. и под руководством сотрудницы [[лаборатория систем биосинтеза природных соединений|лаборатории систем биосинтеза природных соединений]] [[Герасименко Ирина Михайловна|Герасименко И.М.]] награждён дипломом на XІIІ Международной научно-практической конференции студентов,  аспирантов и молодых ученых [[http://media.wix.com/ugd/236918_21a2004f224045249cc7da4aa520f9ae.pdf <<ШЕВЧЕНКОВСКАЯ ВЕСНА 2015: БИОЛОГИЯ>>].<BR>
 
Данная работа заняла первое место на всеукраинком конкурсе научного творчества учащихся Intel Eco Ukraine національном етапе международного конкурса Intel International Science and Engineering Fair (Intel ISEF) в категории "Химическая и биологическая инженерия" и III место на Всеукраинском конкурсе Малой академии наук Украины.
 
* 17.04.2014
 
[[Image:2014_Lviv.jpg|thumb|right|83x116px|]]
 
Доклад студентки КНУ [[Клебанович Анастасия Анатольевна|Клебанович Анастасии Анатольевны]] на тему "TRANSPLASTOMIC TOBACCO LINES CONTAINING uidA REPORTER GENE UNDER CONTROL OF DIFFERENT PROMOTER SEQUENCES", в соавторстве с сотрудниками [[лаборатория систем биосинтеза природных соединений|лаборатории систем биосинтеза природных соединений]] и [[отдел генетической инженерии|отдела генетической инженерии]] [[Рудас Владимир Андреевич|Рудасом В.А.]], [[Герасименко Ирина Михайловна|Герасименко И.М.]], [[Шелудько Юрий Всеволодович|Шелудько Ю.В.]], [[Василенко Максим Юрьевич|Василенко М.Ю.]], [[Кучук Николай Викторович|Кучуком Н.В.]], а также сотрудником компании DuPont Pioneer AgBiotech Теодором Кляйном (Klein T.M.) <B>занял первое место</B> на X Международной научной конференции студентов и аспирантов [http://bioweb.lnu.edu.ua/postup/index_en.htm <<YOUTH AND PROGRESS OF BIOLOGY>> (Львов, 8–11 апреля 2014)] на секции [http://bioweb.lnu.edu.ua/postup/pdf/prizeri_2014.pdf GENETICS AND BIOTECHNOLOGY]. Тезисы конференции [http://bioweb.lnu.edu.ua/postup/pdf/pimb-tezi-2014.pdf здесь]
 
* 07.04.2014
 
[[Image:ШВ 2014м.jpg|thumb|right|70x100px|]]
 
Доклад <B>Пироговского А.С.</B> по работе "Розробка та апробація програмного забезпечення для конструювання синтетичних промоторів для регульованої експресії трансгенів у рослинах.(Разработка и апробация программного обеспечения для конструирования синтетических промоторов для регулируемой экспрессии трансгенов в растениях", выполненной под руководством и в соавторстве с сотрудниками [[лаборатория систем биосинтеза природных соединений|лаборатории систем биосинтеза природных соединений]] [[отдел генетической инженерии|отдела генетической инженерии]] [[Арбузова Ирина Андреевна|Арбузовой И.А.]], [[Герасименко Ирина Михайловна|Герасименко И.М.]] и [[Шелудько Юрий Всеволодович|Шелудько Ю.В.]] <B>занял первое место</B> на XІІ Международной научно-практической конференции студентов,  аспирантов и молодых ученых [http://shv.univ.kiev.ua/en/pages/conferencion_scientificprogramme#9 <<ШЕВЧЕНКОВСКАЯ ВЕСНА 2014: БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ>>].<BR>
 
 
''[[Bсе новости]]''
 
</div>
 
 
<div style='margin-right:10px;float:right;width:450px;height:1420px;'>
 
[[Image:2012 springer Shel.jpg|100px|right]]
 
<B>В издательстве Springer в 2013 вышла книга</B> [http://www.springerlink.com/contents/ Biotechnology for Medicinal Plants: Micropropagation and Improvement], в которую вошла обзорная статья [http://www.springerlink.com/content/n12140177p360436/ Biosynthetic Potential of Hairy Roots for Production of New Natural Products]сотрудников Лаборатории [[Шелудько Юрий Всеволодович|Шелудько Ю.В.]] и [[Герасименко Ирина Михайловна|Герасименко И.М.]].В публикации фокусируется внимание на новых соединениях, изолированных из культур hairy roots, появление которых в трансгенных корнях обусловлено особенностями их физиологии, экзогенными стимулами или генноинженерными манипуляциями. Описываются примеры новых вторичных метаболитов, не обнаруженных в родительских растениях, а также продуктов экспрессии чужеродных генов. Авторы показывают, что трансгенные корни hairy roots могут рассматриваться как перспективный источник биоразнообразия природных соединений.<BR>
 
Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net]. 
 
<BR>
 
 
 
[[Image:DSC_0642.JPG|thumb|center|323x216px| Награждение дипломами лауреатов ежегодной премии Президента Украины для молодых ученых 2011 года.]]Дипломы лауреатов ежегодной премии Президента Украины для молодых ученых 2011 года были торжественно вручены сотруднице [[лаборатория систем биосинтеза природных соединений|лаборатории систем биосинтеза природных соединений]] [[отдел генетической инженерии|отдела генетической инженерии]] [[Синдаровская Яна Рудольфовна|Синдаровской Яне Рудольфовне]] и сотруднику [[отдел генетической инженерии|отдела генетической инженерии]] [[Василенко Максим Юрьевич|Василенко Максиму Юрьевичу]], а также коллегам из [http://www.imv.kiev.ua/index.php?id_cur_sect=14&lang=us Института Микробиологии и вирусологии им. Д.К. Заболотного] Лозовой Ольге Иосиповне и Демченко Александру Анатолиевичу за работу "Получение фармацевтически-ценных белков в растениях и изучение стойкости трансгенных растений к фитопатогенным вирусам".<B>[[Фотоальбом церемонии здесь]]</B>
 
 
==Сотрудничество:==
 
*Институт физиологии им. А.А. Богомольца
 
*Институт физиологии растений им. К.А.Тимирязева РАН, Москва
 
*Институт цитологии и генетики Сибирского отделения РАН, Лаборатория биоинженерии растений, Новосибирск
 
*Институт микробиологии и вирусологии им. Д.К. Заболотного НАН Украины, Киев
 
*Национальный институт винограда и вина "Магарач" УААН, Ялта
 
*Институт проблем криобиологии и криомедицины НАН Украины, Харьков
 
</div>
 
 
==Основные_направления работы:==
 
*<B>1. Разработка платформы для высокоэффективной экспресси рекомбинантных белков в растениях.</B>
 
Растительные экспрессионные системы могут служить источником биологически-активных белковых продуктов или использоваться как съедобные вакцины.<br>
 
 
Разработка генноинженерной платформы для высокоэффективной экспрессии рекомбинантных белков в растениях включает ряд этапов:
 
 
Селекция и клонирование растительных регуляторных и транспортных элементов для конститутивной, тканеспецифической и индуцибельной экспрессии трансгенов и компартментализации белкового продукта. Создание коллекции регуляторных и транспортных генетических элементов. <br>
 
 
Интеграция клонированых последовательностей в оптимизированные вектора для Agrobacterium-опосредованной трансформации растений. <br>
 
 
Анализ полученных конструкций методом транзиентной экспресси в растениях. Agrobacterium-опосредствованная транзиентная экспрессия чужеродных генов в растениях дает возможность быстро получать рекомбинантные белки. В лаборатории разработана методика эффективной транзиентной экспрессии генов in planta, проведен отбор видов растений, наиболее пригодных для транзиентной экспрессии рекомбинантных белков, изучаются факторы, влияющие на эффективность транзиентной экспрессии.<br>
 
 
Проведение Agrobacterium-опосредованной генетическая трансформации эксплантов модельных и сельскохозяйственных видов растений. Селекция трансформантов и анализ присутствия трансгенов методами мультиплексного ПЦР-анализа.<br>
 
 
Анализ присутствия белкового продукта в трансгенных линия методом вестерн-блоттинга. Экстракция и анализ  активности рекомбинантных белков.
 
 
[[Публикации по теме 1...]]<br>
 
<br>
 
 
*<B>2. Создание экспрессионно-селекционной системы, которая включает гибридный ген целевого и репортерного белка термостабильной лихеназы <i>Clostridium thermocellum</i>.</B>
 
В большинстве случаев показано отсутствие влияния репортера на физиологическую активность слитого с ним целевого белка, а определение собственной активности репортера проводится при 70 оС после температурной денатурации ферментов растения, что обеспечивает высокую специфичность реакции. Использование данной системы позволяет одновременно с накоплением целевого продукта проводить мониторинг его количества, кроме того часто наблюдается увеличение стабильности гибридного продукта.
 
 
[[Публикации по теме 2...]]<br>
 
<br>
 
 
*<B>3. Изучение физиологической роли генов, кодирующих десатуразы с различной субстратной специфичностью, в жизнедеятельности растений в норме и при воздействии абиотических стрессовых факторов среды.</B>
 
Изучение механизмов устойчивости растений к неблагоприятным условиям окружающей среды, а также создание растений, устойчивых к абиотическим стрессовым факторам, за счет экспрессии генов, контролирующих модификацию жирных кислот мембранных липидов. Впервые для создания экспериментальных моделей трансгенных растений использована стратегия переноса и экспрессии в растениях гибридных генов, в которых последовательность целевого гена имеет трансляционное слияние с последовательностью репортерного гена термостабильной лихеназы.
 
 
[[Публикации по теме 3...]]<BR><BR>
 
 
*<B>4. Исследование биохимических путей вторичного метаболизма. Разаработка ВЭЖХ систем для разделения низкомолекулярных соединений разных классов.</B>
 
Мониторинг изменений спектра вторичных метаболитов в результате элиситации и стресса с использованием методов ВЭЖХ. Фракционирование экстрактов, изоляция и идентификация отдельных соединений.
 
 
[[Публикации по теме 4...]]
 
 
==[[Приборная база]]==
 
 
==Недавние публикации:==
 
*Gerasymenko I.M., Mazur M.G., Sheludko Y.V., Kuchuk N.V. (2015) Multiplex pcr assay for detection of human somatotropin and interferon alpha2b genes in plant material, 49(3), 147-151 [http://link.springer.com/article/10.3103/S0095452715030068 DOI: 10.3103/S0095452715030068) Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net].
 
 
*Gerasymenko I.M., Sakhno L.O., Kyrpa T.М., Ostapchuk A.N., Khadjiev T.A., Goldenkova-Pavlova I.V., Sheludko Y.V. (2015) Characterization of Nicotiana tabacum plants expressing hybrid genes of cyanobacterial Δ9 or Δ12 acyl–lipid desaturases and thermostable lichenase. Russian J. Plant Physiol. 62(3), 283-291.Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net]. 
 
 
*Sakhno L.O., Slyvets M.S., Korol N.A., Karbovska N.V., Ostapchuk A.M.,  SheludkoY.V., Kuchuk M.V. (2014) Changes in fatty acid composition in leaf lipids of canola biotech plants under short-time heat stress. J. Stress Physiol. Biochem., 10(2), 24-34.[http://www.jspb.ru/issues/2014/N2/JSPB_2014_2_24-34.html Full text download]
 
 
*Sindarovska Y.R., Golovach I.S., Belokurova V.B., Gerasymenko I.M.,  Sheludko Y.V., Kuchuk N.V. (2014) Screening of plant cell culture collection for efficient host species for Agrobacterium-mediated transient expression. Cytol. Genet. 48(4), 208-217.
 
 
*Сливец М.С., Сахно Л.А., Шелудько Ю.В. Экспрессия трансгена desC цианобактерии в растениях рапса не изменяет их холодоусто йчивости (2013) Вісн. Укр. тов-ва генетиків і селекціонері 11(2), 267-275.Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net].
 
 
*Sheludko Y.V. , Gerasymenko I.M. (2013) Biosynthetic potential of hairy roots for production of new natural products. In: "Biotechnology for Medicinal Plants: Micropropagation and Improvement" Eds. Suman Chandra, Hemant Lata and Ajit Varma, Springer, Berlin, Heidelberg, 241-262. [http://www.springerlink.com/content/n12140177p360436/ DOI: 10.1007/978-3-642-29974-2_10]. Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net].
 
 
*Sindarovska Y. R., Gerasymenko I. M., Kuchuk M. V., Sheludko Y. V. (2012) Influence of exogenous phytohormones, methyl jasmonate and suppressors of jasmonate biosynthesis on Agrobacterium-mediated transient expression in Nicotiana excelsior. Biopolym. Cell., 28(№5), 368-373.[http://www.biopolymers.org.ua/pdf/en/28/5/368/ fulltext] Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net].
 
 
*Сахно Л.А., Герасименко И.М., Комарницкий И.К., Шелудько Ю.В., Голденкова-Павлова И.В. (2012) Создание устойчивых к глифосату растений Brassica napus L., экспрессирующих десатуразу DesC цианобактерии Synechococcus vulcanus. Biopolym.  Cell., 28(6), 449-455. [http://www.biopolymers.org.ua/content/en/28/6/449/ abstract] Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net].
 
 
*Вячеславова А.О., Мустафаев О.Н., Тюрин А.А., Шимшилашвили Х.Р., Бердичевец И.Н., Шаяхметова Д.М., Голденков М.А., Фадеев В.С., Шелудько Ю.В., Голденкова-Павлова И. В. (2012) Серия модульных векторов для стабильной и транзиентной экспрессии гетерологичных генов в растениях. Генетика, 48(№9), 1046-1056. [http://www.maikonline.com/maik/showArticle.do?auid=VAH5XT6GZ8 abstract]. Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net].
 
 
*Gerasymenko I.M., Sakhno L.O., Mazur M.G., Sheludko Y.V. (2012) Multiplex PCR assay for detection of human interferon alpha2b gene in transgenic plants. Cytology and Genetics 46 (N4), 197-201.[http://www.springerlink.com/content/6687432j58r53117/?MUD=MP DOI: 10.3103/S009545271204007X ] Request/Запросить копию у автора: [mailto:ysheludko@ukr.net ysheludko@ukr.net].
 
 
*Yu. Luchakivskaya, O. Kishchenko, I. Gerasymenko, Z. Olevinskaya, Yu. Simonenko, M. Spivak and M. Kuchuk (2011) High-level expression of human interferon alpha-2b in transgenic carrot (Daucus carota L.) plants. Plant Cell Reports [http://www.springerlink.com/content/8742jt5305615428/ DOI: 10.1007/s00299-010-0942-5]
 
 
*Ovcharenko, O., V. Momot, N. Cherep, Y. Sheludko, I. Komarnitsky, V. Rudas and N. Kuchuk (2011) Transfer of transformed Lesquerella fendleri (Gray) Wats. chloroplasts into Orychophragmus violaceus (L.) O.E. Schulz by protoplast fusion." Plant Cell, Tissue and Organ Culture: 105, 21-27 [http://dx.doi.org/10.1007/s11240-010-9833-2 doi.org/10.1007/s11240-010-9833-2]
 
 
*Sindarovska Y.R., Gerasymenko I.M, Sheludko Y.V., Olevinskaja  Z.M., Spivak N.Y., Kuchuk N.V. (2010) Production of human interferon alpha 2b in plants of Nicotiana excelsior by Agrobacterium-mediated transient expression. [http://www.springerlink.com/content/y310066m08w1043j/fulltext.pdf Cytol Genet] 44 (N5), 313-316
 
 
*Berdichevets, I., H. Shimshilashvili, I. Gerasymenko, Y. Sindarovska, Y. Sheludko and I. Goldenkova-Pavlova (2010) Multiplex PCR assay for detection of recombinant genes encoding fatty acid desaturases fused with lichenase reporter protein in GM plants. Analytical and Bioanalytical Chemistry 397, 2289-2293[http://www.springerlink.com/content/g378kx5868277615/?p=e6702546c1b54e42923d439ef7b5139e&pi=0 DOI 10.1007/s00216-010-3770-0].
 
 
*Lystvan, K., V. Belokurova, Y. Sheludko, J. Ingham, V. Prykhodko, O. Kishchenko, E. Paton and M. Kuchuk (2010) Production of bakuchiol by in vitro systems of Psoralea drupacea Bge. [http://www.springerlink.com/content/m8450278k0421136/?p=02dbb8bb60fe42afadabacb62689e707&pi=10  Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC)] 101, 99-103.
 
 
*Sheludko Y. V., (2010) Recent advances in plant biotechnology and genetic engineering for obtaining of secondary metabolites. [http://www.springerlink.com/content/f144gv35004u7209/?p=40b4727fbced4116888147d82f120a9e&pi=9 Cytol Genet] 44 (N1), 52-60.
 
 
*Герасименко И. М., Головач И. С., Кищенко Е. М., Сахно Л. А., Синдаровская Я. Р., Шимшилашвили Х. Р., Шелудько Ю.В., Голденкова-Павлова И.В. (2010) Получение и анализ трансгенных растений, несущих гены 9 и 12 десатураз цианобактерий. [http://www.bionet.nsc.ru/vogis/pict_pdf/2010/14-1/15.pdf Информационный вестник ВОГиС] 14 (1), 127-133.
 
 
==Патенты лаборатории:==
 
*Пат. 51842 Україна, МПК C 12 N 15/00, C 12 Q 1/25, C 12 Q 1/68. Спосiб детекції рекомбiнантного гена ацил-лiпlдної десатурази, злитої з термостабiльною лiхеназою, в генетично модифiкованiй рослинi методом мультиплексної полiмеразної ланцюгової реакції / Герасименко І.М., Сіндаровська Я.Р., Шелудько Ю.В., Бердічєвєць І. Н., Шімшілашвілі Х. Р., Голдєнкова-Павлова І.В.; заявник та патентовласник Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАНУ та Інстітут общєй гєнєтікі ім. Н. І. Вавілова РАН. –заявл. 23.11.09, заявка № u 2009 12102; заявл. 25.11.2009; опубл. 10.08.2010, Бюл. № 15.
 
 
*Пат. 31239 Україна, МПК A 01 H 5/00, A 01 H 5/12, C 07 K 14/00, C 12 N 15/63, C 12 N 15/84, C 12 P 21/00. Спосіб одержання рекомбінантного білка шляхом транзієнтної експресії трансгену в рослині виду Nicotiana excelsior / Сіндаровська Я.Р., Шелудько Ю.В., Герасименко І.М., Кучук М.В.; заявник та патентовласник Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАНУ. – № u 2007 14867; заявл. 27.12.07; опубл. 25.03.08, Бюл. № 6.
 
[[uk:Лабораторія систем біосинтезу природних сполук]]
 

Текущая версия на 10:15, 6 сентября 2016

Персональные инструменты