Перегляд вихідного коду сторінки Можливість використання послідовностей rbcL та ITS2 для видової ідентифікації мохоподібних (на прикладі рослин Антарктики)

<center>
Можливість використання послідовностей деяких ядерних та <br>
хлоропластной генів для видової ідентифікації мохоподібних <br>
(На прикладі рослин Антарктики)

<b> [[Дуплій В.П.]], [[Матвєєва Н.А.]] </b> <br>
<i> Інститут клітинної біології та генетичної інженерії НАН України </i>
</Center>

[[Media:DNA barcoding 4Rostov-on-Don.pdf|Завантажити постер (pdf)]]

ДНК-штрихкодування є перспективним методом видової ідентифікації живих організмів. Дослідження в цьому напрямку були розпочаті близько десяти років тому роботами П.Хеберта із співавторами. Зараз велика увага приділяється з'ясуванню, яка саме ділянка ДНК може бути використана як ДНК-штрихкод рослин. Пропонуються різні ділянки ДНК, зокрема, послідовності rbcL, matK, atpB-rbcL, trnL-trnF, rpoB, rpoC1, trnH-psbA, atpF-atpH (хлоропластна ДНК), а також ядерний спейсер ITS2. Ми спробували визначити, чи можуть послідовності rbcL та ITS2 використовуватися для видової ідентифікації мохоподібних.

[[Image:4moses in vitro 2013.jpg|300px|right]]
Матеріалом служили культивовані in vitro рослини Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Pohlia nutans (Hedw.) Lindb., Sanionia georgicouncinata (Müll. Hal.) Ochyra, Polytrichum juniperinum Hedw., які вирощували на агаризованому середовищі МС (Murashige & Skoog, 1962) при +24°С і 16-годинному світловому фотоперіоде. Нативні зразки цих рослин були зібрані у 2009-2011 р.р. на антарктичному острові Галіндез та в оазисі Ширмахера (Земля Королеви Мод). Використовували описані раніше пари праймерів для rbcL (Kress & Erickson, 2007) та ITS2 (Chiou et al., 2007).

[[Image:DB Antarctica 2012.jpg|300px|left]]
Для зберігання інформації про колекції антарктичних рослин була створена реляційна база даних (спрощена її структура наведена зліва). У зв'язаних таблицях зберігаються відомості про точне місце збору зразків, способах їх видового визначення, умови культивування та секвенування, а також про експерименти на стійкість до абіотичних стресів, проведених з ними.
{{-}}

[[Image:MDS Bryophyta rbcL 2012.jpg|200px|left]]
[[Image:Tree Bryophyta ITS2 2012.jpg|200px|right]]
Для нашого зразка W.fontinaliopsis у Генбанку не було знайдено достатньо близьких сиквенсів досліджуваних ділянок ДНК. Рослини цього роду, на жаль, досі мало вивчені. Інші дев'ять зразків були визначені з точністю до роду по спейсерам ITS2. Для зразка B.pseudotriquetrum було виявлено 34 послідовності, що співпадають на досліджуваній ділянці rbcL, але належать до різних родів. Найбільш близькі послідовності ITS2 відносяться до B.pseudotriquetrum.

Послідовність гена rbcL наших рослин P.nutans збігалася з наявною у Генбанку для того ж виду. У той же час послідовність ITS2 цього зразка була ідентична двом записам, що відповідають різним видам, P.nutans та P.proligera.

[[Image:MDS Polytrichaceae rbcL 2013.jpg|200px|left]]
Сіквенс rbcL нашого зразка S.georgicouncinata відрізнявся від наявної у Генбанку послідовності S.uncinata по 2 п.н., а найбільш близький до послідовності ITS2 нашого зразка відповідав трьом видам роду Sanionia (S.georgicouncinata, S.symmetrica, S.orthothecioides).

Тільки порівняння послідовностей антарктичного зразка P.juniperinum вказує на його приналежність до даного виду (по ділянках rbcL і ITS2) або до близького йому P.strictum (тільки по rbcL). Мабуть, варто погодитися з твердженням, що висловлюються у багатьох роботах, що однієї ділянки ДНК не достатньо для точної видової ідентифікацією рослин.
{{-}}

Таким чином, показано, що ні фрагмент послідовності хлоропластного гена rbcL, ні послідовність ядерного спейсера ITS2 не можуть бути використані для точної видової ідентифікації мохоподібних. Однак такий підхід може бути застосований для попереднього визначення таксону рослини або як додатковий метод ідентифікації.
{{-}}

[[Image:MDS Bryaceae atpB-rbcL 2012.jpg|300x180px|left]]
[[Image:MDS Bryaceae rbcL 2012.jpg|300x180px|left]]
[[Image:MDS Bryaceae ITS2 2012.jpg|300x180px|left]]
[[Image:MDS Bryaceae trnL-trnF 2012.jpg|300x180px|left]]
{{-}}

Спільний науковий проект НАН України та Російського фонду фундаментальних досліджень 2012-2013 Грант Національного антарктичного наукового центру 2011-2012

Доповідь була представлена на конференції [[«Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии» / 2013|«Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии»]], що проходила з 25 по 29 травня 2013 року у м. Ростов-на-Дону

[[ru:Возможность использования последовательностей rbcL и ITS2 для видовой идентификации мохообразных (на примере растений Антарктики)]]

[[Category:ДНК-штрихкодування]]
[[Category:Антарктичні рослини]]
[[Category:Мохоподібні]]
[[Category:Ідентифікація рослин]]
[[Category:Колекція рослин in vitro]]
[[Category:Бази даних]]
[[Category:Спейсер ITS2]]
[[Category:Ген rbcL]]
[[Category:Warnstorfia fontinaliopsis]]
[[Category:Bryum pseudotriquetrum]]
[[Category:Pohlia nutans]]
[[Category:Sanionia georgicouncinata]]
[[Category:Polytrichum juniperinum]]

[[Category:Дуплій В.П.]]
[[Category:Матвєєва Н.А.]]
[[Category:Лабораторія адаптаційної біотехнології]]