GAM
Матеріал з ІКБГІ
(відмінності між версіями)
(Нова сторінка: ==Get, Align, MDS - GAM== Designed & Coded: Volodymyr Duplij ===Поточна версія: 2.0=== * [[Media:Triander.zip|Скачати скрипти та граф...) |
(→В наших публікаціях) |
||
| (13 проміжних версій одного користувача не показані) | |||
| Рядок 1: | Рядок 1: | ||
==Get, Align, MDS - GAM== | ==Get, Align, MDS - GAM== | ||
Designed & Coded: [[Volodymyr Duplij]] | Designed & Coded: [[Volodymyr Duplij]] | ||
| + | |||
| + | ===Склад пакету=== | ||
| + | {| cellpadding=5 | ||
| + | !Назва файлу | ||
| + | !Тип | ||
| + | !Призначення | ||
| + | |- | ||
| + | |ggam.exe | ||
| + | |бінарний | ||
| + | |Графічний інтерфейс користувача | ||
| + | |- | ||
| + | |get_seq_GB.pl | ||
| + | |скрипт Perl | ||
| + | |Скачування послідовностей з Генбанку | ||
| + | |- | ||
| + | |seq_aln.pl | ||
| + | |скрипт Perl | ||
| + | |Вирівнювання послідовностей | ||
| + | |- | ||
| + | |MDSgenera.r | ||
| + | |скрипт R | ||
| + | |Діаграма MDS виділення родів | ||
| + | |- | ||
| + | |MDSspecies.r | ||
| + | |скрипт R | ||
| + | |Діаграма MDS виділення видів | ||
| + | |- | ||
| + | |PrepMDS.pl | ||
| + | |скрипт Perl | ||
| + | |Підготовка даних для MDS | ||
| + | |- | ||
| + | |MDS-fun.r | ||
| + | |скрипт R | ||
| + | |Спільні функції скриптів R | ||
| + | |- | ||
| + | |MDSspecies.pl | ||
| + | |скрипт Perl | ||
| + | |Діаграма MDS з командного рядка | ||
| + | |} | ||
===Поточна версія: 2.0=== | ===Поточна версія: 2.0=== | ||
| − | * [[Media: | + | * [[Media:GAM.zip|Скачати скрипти та графічний інтерфейс користувача (GUI) скомпільований для Windows]] |
| + | |||
| + | ===В наших публікаціях=== | ||
| + | * [[Duplij V.P.]], [[Matvieieva N.A.]], [[Kuchuk M.V.]] Bioinformational approach for rapid assessment of different genome sites for DNA barcoding // Agrobiodiversity for improving nutrition, health and life quality – Nitra: Slovak University of Agriculutre, 2015. – P. 131-133. | ||
| + | |||
| + | ===Див. також=== | ||
| + | * [[Біоінформаційний підхід до швидкої оцінки придатності різних ділянок генома для ДНК-штрихкодування / Дуплій В.П. та ін. 2015]] | ||
[[Category: Програмне забезпечення ІКБГІ]] | [[Category: Програмне забезпечення ІКБГІ]] | ||
| + | |||
| + | [[Category:ДНК-штрихкодування]] | ||
| + | [[Category:Генетична ідентифікація рослин]] | ||
| + | [[Category:Бази даних]] | ||
| + | |||
| + | [[Category:Дуплій В.П.]] | ||
| + | [[Category:Лабораторія адаптаційної біотехнології]] | ||
[[en:GAM]] | [[en:GAM]] | ||
Поточна версія на 14:38, 24 вересня 2015
Зміст |
[ред.] Get, Align, MDS - GAM
Designed & Coded: Volodymyr Duplij
[ред.] Склад пакету
| Назва файлу | Тип | Призначення |
|---|---|---|
| ggam.exe | бінарний | Графічний інтерфейс користувача |
| get_seq_GB.pl | скрипт Perl | Скачування послідовностей з Генбанку |
| seq_aln.pl | скрипт Perl | Вирівнювання послідовностей |
| MDSgenera.r | скрипт R | Діаграма MDS виділення родів |
| MDSspecies.r | скрипт R | Діаграма MDS виділення видів |
| PrepMDS.pl | скрипт Perl | Підготовка даних для MDS |
| MDS-fun.r | скрипт R | Спільні функції скриптів R |
| MDSspecies.pl | скрипт Perl | Діаграма MDS з командного рядка |
[ред.] Поточна версія: 2.0
[ред.] В наших публікаціях
- Duplij V.P., Matvieieva N.A., Kuchuk M.V. Bioinformational approach for rapid assessment of different genome sites for DNA barcoding // Agrobiodiversity for improving nutrition, health and life quality – Nitra: Slovak University of Agriculutre, 2015. – P. 131-133.
