Triander – нова програма для візуального аналізу нуклеотидних послідовностей / Дуплій В.П., Дуплій С.А. 2015
| Рядок 9: | Рядок 9: | ||
Важным является построение именно трех нуклеотидных кривых, которые соответствуют каждому положению в кодоне, что дает построение трех обходов для каждого положения нуклеотида в триплете. При учете степени детерминации такая диаграмма называется '''триандром'''. В предыдущей работе также показано, что гипотетическое количество нуклеотидов в кодоне, отличное от трех, а также случайно сгенерированные нуклеотидные последовательности вообще не приводят к появлению таких визуальных структур, как триандры. | Важным является построение именно трех нуклеотидных кривых, которые соответствуют каждому положению в кодоне, что дает построение трех обходов для каждого положения нуклеотида в триплете. При учете степени детерминации такая диаграмма называется '''триандром'''. В предыдущей работе также показано, что гипотетическое количество нуклеотидов в кодоне, отличное от трех, а также случайно сгенерированные нуклеотидные последовательности вообще не приводят к появлению таких визуальных структур, как триандры. | ||
| − | [[Image:Triander (2015) Duplij fig2.jpg|thumb|100px|Рис.2 | + | [[Image:Triander (2015) Duplij fig2.jpg|thumb|100px|Рис.2 Направление и длина нуклотидных векторов]] |
Среди возможных комбинаций направлений нуклеотидних векторов, т.е. векторов, которые представляют тот или иной нуклеотид на диаграмме, нами была выбрана такая: С – Север, G – Юг, T – Восток, A – Запад (рис. 2). Так как степень детерминации, а значит и длина нуклеотидного вектора составляет для С – 4, для G – 3, для T – 2, для A – 1, то диаграмма обхода последовательности случайно выбранных нуклеотидов в нашем случае распространяется в северо-восточном направлении. Это направление, как и четыре основных, указывается на диаграмме. | Среди возможных комбинаций направлений нуклеотидних векторов, т.е. векторов, которые представляют тот или иной нуклеотид на диаграмме, нами была выбрана такая: С – Север, G – Юг, T – Восток, A – Запад (рис. 2). Так как степень детерминации, а значит и длина нуклеотидного вектора составляет для С – 4, для G – 3, для T – 2, для A – 1, то диаграмма обхода последовательности случайно выбранных нуклеотидов в нашем случае распространяется в северо-восточном направлении. Это направление, как и четыре основных, указывается на диаграмме. | ||
Версія за 17:43, 16 вересня 2015
Нашей задачей было создание оригинальной программы рендеринга нуклеотидных последовательностей (несколькими различными способами) и предоставление пользователю интерактивных возможностей управления визуализацией (масштабирование, выбор участка последовательности и т.д.) в реальном времени.
_Duplij_fig1.jpg)
В отличие от других способов визуализации, мы предлагаем естественное представление нуклеотидных последовательностей в виде кривых, где в соответствие основаниям поставлены разнонаправленные векторы. В дальнейшем такие векторы будем называть нуклеотидными векторами, а кривые, образованные ими, нуклеотидными кривыми.
Метод основывается на использовании в качестве длины нуклеотидного вектора его «внутреннюю абстрактную характеристику – степень детерминации». Степень детерминации – это числовая характеристика нуклеотида, связанная с его способностью определять аминокислоту в зависимости от положения в кодоне, а также с так называемым эволюционным «давлением». Кроме того, принимается во внимание число водородных связей.
Важным является построение именно трех нуклеотидных кривых, которые соответствуют каждому положению в кодоне, что дает построение трех обходов для каждого положения нуклеотида в триплете. При учете степени детерминации такая диаграмма называется триандром. В предыдущей работе также показано, что гипотетическое количество нуклеотидов в кодоне, отличное от трех, а также случайно сгенерированные нуклеотидные последовательности вообще не приводят к появлению таких визуальных структур, как триандры.
_Duplij_fig2.jpg)
Среди возможных комбинаций направлений нуклеотидних векторов, т.е. векторов, которые представляют тот или иной нуклеотид на диаграмме, нами была выбрана такая: С – Север, G – Юг, T – Восток, A – Запад (рис. 2). Так как степень детерминации, а значит и длина нуклеотидного вектора составляет для С – 4, для G – 3, для T – 2, для A – 1, то диаграмма обхода последовательности случайно выбранных нуклеотидов в нашем случае распространяется в северо-восточном направлении. Это направление, как и четыре основных, указывается на диаграмме.
