Біоінформаційний аналіз малих гідрофобних протеїнів огірка та дині / Дуплій В.П., Матвєєва Н.А. 2015

Поточна версія на 19:17, 9 жовтня 2015

Метою роботи був пошук генів сільськогосподарських культур, гомологічних тим, що беруть участь у відповіді моху Physcomitrella patens на сольовий та температурний стреси, а також порівняння цих генів та їх продуктів.

На основі відомих амінокислотних послідовностей малих гідрофобних протеїнів SHP1 та SHP2 P. patens за допомогою алгоритму tblastn (www.ncbi.nlm.nih.gov) у геномі огірка (Cucumis sativus) було знайдено 6 генів, що кодують їх потенційні гомологи. Амінокислотні послідовності відібраних кандидатів були проаналізовані на наявність та орієнтацію трансмембранних елементів (ТМЕ), використовуючи сервіс TMHMM версії 2.0 (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM).

Два з шести виявлених генів огірка кодують порівняно великі пептиди (198 і 661 а.к.) та складаються з 4 та 10 ТМЕ. Імовірно, вони виконують інші функції, ніж білки SHP фіскомітрели. Ще три гени кодують протеїни з одним ТМЕ та один ген – з двома. Продукт останнього гена, як і білки SHP1 та SHP2, зорієнтований в плазматичній мембрані N- та C-кінцями всередину. Такі білки назвемо SHPin, а SHPout з протилежною орієнтацією. В геномі дині (Cucumis melo) крім одного SHPin протеїну кодується ще SHPout білок та 3 білки з одним ТМЕ, у геномі P. patens крім двох вищезгаданих SHPin – три SHPout. Набір SHP білків помідора (Solanum lycopersicum) такий самий, яка і у P. patens, а у картоплі (Solanum tuberosum) замість одного SHPin є білок, що має один ТМЕ. Крім того слід зазначити, що SHPin білки роду Cucumis мають на 10 а.к. довший N-кінець, розташований із внутрішньої сторони мембрани.

Показано, що геноми огірка та дині мають гени, що кодують відмінний від інших як за кількістю, так і за якістю набір малих гідрофобних білків, подібних до SHP1 та SHP2 P. patens.

[ред.] Цитувати як

Дуплій В.П., Матвєєва Н.А. Біоінформаційний аналіз малих гідрофобних протеїнів огірка та дині // Теоретичні основи оптимізації селекційного процесу основних видів сільськогосподарських рослин: Матеріали міжнародної науково-практичної конференції (23 червня 2015 р., сел. Селекційне Харківської обл.) / Інститут овочівництва і баштанництва НААН. – Плеяда, 2015 . – С. 62-63

[ред.] Офіційне джерело

Збірник тез конференції «Теоретичні основи оптимізації селекційного процесу основних видів сільськогосподарських рослин»:

http://www.ovoch.com/files/Tezy_2015.pdf (PDF)